自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……
主演：今井龙太郎,堀口真帆,三岛健太,小贯莉奈,八木美树,川平慈英,古川雄辉
主演：今井龙太郎,堀口真帆,三岛健太,小贯莉奈,八木美树,川平慈英,古川雄辉
主演：入野自由,潘惠美,黑泽朋世,田村睦心,关根有咲,久野美咲,阿座上洋平,滨野大辉,中井和哉
主演：铃代纱弓,坂田将吾,谷口梦奈,平林瑚夏,岩田安吉,岛袋美由利,加藤涉,大森心,楠木灯
主演：户谷菊之介,长谷川育美,天崎滉平,市道真央,Mao,Ichimichi,樱井孝宏,村田太志,小林裕介,杉田智和,Tomokazu,Sugita,天田益男,津田健次郎
主演：畠中祐,青木瑠璃子,新谷真弓,青山吉能,榊原优希,花泽香菜,千叶繁
主演：石川由依,齐藤壮马,石川界人,安济知佳,山村响,榎木淳弥,木村良平,铃木崚汰,浪川大辅,国府田麻理子,田村真,内田真礼
主演：加藤涉,本渡枫,富田美忧,长绳麻理亚,濑户麻沙美,朝井彩加,上坂堇,进藤天音,三森铃子,高桥李依,Lynn,高尾奏音,石原夏织,竹达彩奈,千叶繁,上田祐司
主演：小川華果,叶矢りか,丸冈和佳奈,岡村明香,藤寺美德,铃木实里,大地叶,森久保祥太郎
主演：内田雄马,雨宫天,内山昂辉,小野大辅,武内骏辅,寿美菜子,大地叶,川井田夏海,浦和希,平川大辅,家中宏,浅野麻由美,远藤大智,高垣彩阳
主演：内山夕实,杉田智和,小原好美,茅野爱衣,金元寿子,Lynn,会泽纱弥,高田忧希,鹤冈聪,逢坂良太,田中理惠,诸星堇,上田丽奈,兴津和幸,若山诗音,小山力也
主演：本渡枫,岛崎信长,和泉风花,铃木实里,橘杏咲,白石晴香,上村祐翔,长谷川玲奈,石毛翔弥,菲鲁兹·蓝,大野智敬,渡谷美帆,浦和希,樱井美雪,花泽香菜,速水奖,平川大辅
主演：石川由依,齐藤壮马,石川界人,安济知佳,山村响,榎木淳弥,木村良平,铃木崚汰,浪川大辅,国府田麻理子,田村真,内田真礼
主演：田中真弓,冈村明美,中井和哉,山口胜平,平田广明,大谷育江,山口由里子,矢尾一树,长岛雄一,池田秀一,古川登志夫,古谷彻,大塚周夫,津嘉山正种,草尾毅,大场真人,宝龟克寿,园部启一,柴田秀胜,中博史,阪口大助,竹内顺子,千叶繁,三石琴乃,挂川裕彦,堀秀行,田中秀幸,大友龙三郎,有本钦隆,大塚明夫,玄田哲章,小山茉美,土井美加,野田顺子,渡边美佐,野上尤加奈,林原惠美,水树奈奈,园崎未惠,西原久美子,久川绫,泽城美雪,池泽春菜,斋藤千和,神谷浩史,浪川大辅,森久保祥太郎,石田彰,高木涉,桧山修之,子安武人,
主演：高山南,山崎和佳奈,神谷明,小山力也,林原惠美,山口胜平,田中秀幸,岛本须美,绪方贤一,堀川亮,松井菜樱子,宫村优子,岩居由希子,大谷育江,高木涉,高岛雅罗,堀之纪,立木文彦,小山茉美,三石琴乃,置鲇龙太郎,日高范子,池田秀一,古谷彻
主演：高山南,山崎和佳奈,神谷明,小山力也,林原惠美,山口胜平,田中秀幸,岛本须美,绪方贤一,堀川亮,松井菜樱子,宫村优子,岩居由希子,大谷育江,高木涉,高岛雅罗,堀之纪,立木文彦,小山茉美,三石琴乃,置鲇龙太郎,日高范子,池田秀一,古谷彻
主演：竹中悠斗,稗田宁宁,佐藤榛夏,坂泰斗,市川苍,堀金苍平,松田飒水,三上枝织,河濑茉希,厚地彩花,福原绫香,大野智敬,本泉莉奈,中村光希,千本木彩花,土田大,盐口量平,广桥凉,桑原由气,日野麻里,手冢宏通,森永彩斗,青山玲菜,猪股慧士,德留慎乃佑
主演：平田广明,东山奈央,上田瞳,广濑有纪,矢野妃菜喜,仲田亚里沙,斋藤千和,石川界人,内田直哉
主演：速水奖,伊藤健太郎,小山刚志,松冈由贵,三木真一郎,森田成一,置鲇龙太郎,折笠富美子,大塚明夫,朴璐美,杉山纪彰,菅生隆之,立木文彦,高木涉,武内骏辅
主演：神月柚莉爱,村濑步,阿座上洋平,白石凉子,野岛裕史,稗田宁宁
主演：泽城美雪,真田麻美,田中理惠,后藤沙绪里,桑谷夏子,森永理科,志村由美,野川樱
